“南都量化历史研究最佳论文奖”于2015年设立，由南都公益基金会提供经费支持。该论文奖旨在推动现代社会科学的分析范式和研究方法在历史研究中的应用（经济史、金融史、社会史、政治史、制度史、文化史、文献史，等等）。入选本年度量化历史国际研究年会的工作论文，作者是年青老师（职称为副教授或以下）、博士后、博士硕士研究生、本科生、或自由职业者。共评选出两篇优秀论文，其中一等奖和二等奖各一篇。获奖论文作者将获得荣誉证书和奖金（一等奖五万元、二等奖三万元，均为税前金额）。

2015年，首届“南都量化历史研究最佳论文奖”获奖论文为：《从“异域”到“新疆”：统治方式演变对经济发展的影响——来自清代改土归流的实证证据》，二等奖论文，作者：李楠、林友宏；《习俗与契约治理：清代山西土地典契定价的量化分析》，二等奖论文，作者：何石军、温方方。

2016年，第二届“南都量化历史研究最佳论文奖”获奖论文为：《There Will Be Killing: Collectivization and Death of Draft Animals》，一等奖论文，作者：陈硕、兰小欢；《财政合理化改革，攫取之手与国家能力——来自18世纪中国“火耗归公”的证据》，二等奖论文，作者：郝煜、刘正铖。

2017年，第三届“南都量化历史研究最佳论文奖”获奖论文为：《“瘴气”的阴影：文革时期疟疾大暴发的长期健康影响》，二等奖论文，作者：林友宏；《力难从心：同光中兴时期的巡抚人事调整，动态演化与内在机制》，二等奖论文，作者：钱超峰。